nginx: [warn] the «limit_zone» directive is deprecated, use the «limit_conn_zone» directive instead in /usr/local/etc/nginx/nginx.conf
Это сообщение вовсе не ошибка, а простое уведомление, о том что nginx использует устаревший синтакси limit_zone, который теперь называется limit_conn_zone.
Перейдем к его фиксу:
1)Открываем nginx.conf и ищем строку которая начинается с синтаксиса limit_zone.
Пример строки который может вам попасться:
limit_zone isp $binary_remote_addr 10m;
и ее нужно заменить на:
limit_conn_zone $binary_remote_addr zone=isp:10m;
2) Сохраняем документ и загружаем в nignx новый конфиг:
/etc/init.d/nginx reload
затем если прошло без ошибок
/etc/init.d/nginx restart
3) Перезагружаем Apache2
/etc/init.d/apache2 restart
Команды могут отличаться, так как все действия из статьи были выполнены на Debian Squeeze